瓶裝包裝線(xiàn)可用熱堿水沖洗，中和，熱水沖洗，高溫蒸汽滅菌。操作環(huán)境可采用化學(xué)滅菌和物理滅菌相結合的方式進(jìn)行無(wú)菌處理。一般無(wú)菌室配備空氣過(guò)濾裝置和紫外線(xiàn)殺菌裝置，以保持無(wú)菌室的恒定無(wú)菌狀態(tài)?？梢远ㄆ谶M(jìn)行紫外線(xiàn)照射以殺死空氣中的微生物。確保無(wú)菌室的潔凈度、溫度和濕度應符合規定標準（溫度一般控制在18攝氏度左右，濕度一般在55%左右）。
操作環(huán)境殺菌是防止細菌和其他污染物進(jìn)入操作環(huán)境。殺菌主要通過(guò)過(guò)濾和除塵來(lái)實(shí)現。一般對無(wú)菌操作空間內的空氣進(jìn)行殺菌、二次過(guò)濾、加熱殺菌，產(chǎn)生無(wú)菌超壓空氣。超壓狀態(tài)確保環(huán)境細菌空氣不會(huì )滲入無(wú)菌工作區域。瓶裝包裝線(xiàn)的滅菌常采用環(huán)氧乙烷處理。因為環(huán)氧乙烷氣體對乙烯基塑料有滲透作用，而且包裝機中很多與食品接觸的零件往往都是用乙烯基塑料制成的，當用環(huán)氧乙烷進(jìn)行殺菌消毒時(shí)，
在輸送過(guò)程中，要保持接頭、閥門(mén)、換熱器、均質(zhì)器、泵等的密封性，并保持系統內部的正壓狀態(tài)，以保證外界空氣不進(jìn)入。同時(shí)，要求傳輸線(xiàn)盡可能簡(jiǎn)單，便于清潔。無(wú)菌包裝系統設備的滅菌處理一般采用CIP原位清洗系統進(jìn)行，清洗程序可根據產(chǎn)品類(lèi)型根據滅菌要求設置。應在無(wú)菌操作環(huán)境中設置檢測裝置，監測環(huán)境中微生物的數量，確保包裝產(chǎn)品的無(wú)菌性。
保證自動(dòng)包裝封口的無(wú)菌性：包裝封口是無(wú)菌包裝的個(gè)環(huán)節，也是一個(gè)關(guān)鍵環(huán)節，直接影響產(chǎn)品的包裝質(zhì)量和保質(zhì)期。要求一方面可以防止微生物和氣體或水蒸氣的侵入，另一方面不能讓產(chǎn)品本身的氣味和原液溢出。大多數無(wú)菌包裝采用熱封、超聲波封口、膠封或氣封的方式進(jìn)行密封，也有的采用折疊和卡扣的方式進(jìn)行密封。
密封時(shí)應注意壓力應均勻分布在密封面上；封口過(guò)程的條件，如封口溫度、時(shí)間、壓力等，必須有安全限制，并且可以控制；密封面應避免產(chǎn)品或其他污染；封口位置必須準確，特別是在同一臺機器上進(jìn)行熱成型/灌裝/封口時(shí)，應防止封口位置出現偏差。
