iScan芯片掃描系統
該系統的核心是iScan 閱讀器,它包含了高性能的激光器,光學(xué)儀器及其檢測系統。iScan 閱讀器能夠提供亞微米分辨率和非匹配的數據輸出率。甚至是密度的芯片亦可在幾分鐘內進(jìn)行掃描,每天可以處理多達96個(gè)多樣品芯片。
·這些成像特性尤其有利于進(jìn)行高密度基因型分型,CNV分析,DNA甲基化和基因表達分析。
·該掃描系統支持各種多樣品芯片格式的infinium、GoldenGate,DASL,基因表達(直系雜交)和甲基化分析
該掃描系統包括一個(gè)能控制所有掃描器的計算機工作站。這個(gè)自動(dòng)化系統提供激光控制,精密力學(xué)控制(包括焦點(diǎn)馬達),激發(fā)信號檢測,圖像注冊,圖像收集及數據輸出。數據分析由GenomeStudio軟件提供支持。該軟件是一種易使用的可視化工具,具有的數據控制能力和廣泛的數據輸出能力。
·該掃描閱讀器是建立在LIMS(實(shí)驗室信息管理系統)上,并可自動(dòng)選擇分析追蹤流線(xiàn)樣品以及對大規模項目進(jìn)行工作流程管理。
·AutoLoader 2.x可被加入到單或雙掃描系統從而能每天高通量輸出成千上萬(wàn)的樣品數據。
流程和規格
iScan提供了流線(xiàn)型成像檢測流程,需要極少的用戶(hù)交互服務(wù)進(jìn)行自動(dòng)掃描裝置和數據處理。通過(guò)可選擇性的自動(dòng) Autoloader 2.x 和 實(shí)驗室信息管理系統可進(jìn)一步提高數據輸出效率以及避免高代價(jià)的處理錯誤。
檢測/協(xié)議
BeadArray: Infinium HD, Infinium Methylation, DASL, Direct Hyb
技術(shù)參數
iScan 技術(shù)參數 |
視野 | 1 mm 寬 |
像素分辨率 | 0.54 微米 |
激光激發(fā) | 532 nm and 658 nm 雙激光激發(fā) |
發(fā)射光譜 | 550-600 nm and 677-697 nm |
圖像登記 | 自動(dòng) |
數據讀取 | 自動(dòng) |
圖像輸出格式 | TIFF, PNG, JPG格式(壓縮或未壓縮) |
數據輸出格式 | IDAT (Illumina公司專(zhuān)有格式) |
檢測器模擬到數字轉換 | 16位 |
檢測極限 | 5 fluor/µm2 (Cy3 or Cy5) |
輸入電壓 | 100-240V AC 50/60 Hz, single phase |
輸出功率 | 3A (110V); 1.5A (220V) |
尺寸 | 52 cm (寬) × 45 cm (高) × 66 cm (深) |
重量 | 65 kg |
用戶(hù)代表評論
Sarah Murray, Ph. D.
Director of Genomic Medicine, The Scripps Research Institute
Sarah Murray博士與The Scripps Research Institute (TSRI)中開(kāi)展全基因組關(guān)聯(lián)研究的研究人員合作,來(lái)鑒定心血管疾病的遺傳定子。
訪(fǎng)問(wèn)Sarah Murray博士
Infinium HD BeadChip芯片和iScan系統在您的實(shí)驗室中表現如何?
Human610-Quad BeadChip芯片為我們帶來(lái)了非常棒的數據質(zhì)量,就檢出率而言近乎完整。我們對iScan系統極為滿(mǎn)意。BeadArray Reader和iScan系統之間基因型檢出的一致性為99%。這種度量證明了新系統在檢出基因型方面如何優(yōu)異。Human610-Quad BeadChip芯片還可以用在拷貝數變異分析上。在這方面,我們想了解Log R比值偏差。Log R是強度的衡量,人們用它來(lái)查看拷貝數變異。我們所看到的是兩種掃描儀都得到了質(zhì)量很好的Log R比值差異衡量,實(shí)際上iScan系統要更好一點(diǎn),因此我們非常滿(mǎn)意。
您認為iScan系統為研究人員提供了哪些優(yōu)勢?
我想說(shuō)iScan系統的是顯著(zhù)降低了掃描時(shí)間。整一塊板上四塊Human610-Quad BeadChip芯片在iScan Reader中運行,每個(gè)樣品大約耗時(shí)7分鐘,相比之下BeadArray Reader中每個(gè)樣品需要大約45分鐘。我想對大多數實(shí)驗室而言,掃描時(shí)間可能是的瓶頸。降低的掃描時(shí)間以及單個(gè)Infinium HD Beadchip芯片上4個(gè)樣品的組合讓研究人員真正提高了能力和通量。